เมื่อราวกลางปี พ.ศ. 2551 ได้มีการรวมตัวของกลุ่มอาสาสมัครที่ประกอบด้วยสถาปนิกและวิศวกรจากสมาคมวิชาชีพสองแห่งคือ สมาคมสถาปนิกสยามในพระบรมราชูปถัมภ์ และวิศวกรรมสถานแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์ ร่วมกันจัดตั้งหน่วยงานด้านอาคารเขียวของไทยขึ้น โดยองค์กรที่จัดตั้งขึ้นนี้มีเป้าหมายหลักคือ ต้องการพัฒนาองค์ความรู้และจัดทำมาตรฐานรวมทั้งหลักเกณฑ์อาคารเขียวของไทยขึ้นมาใช้เอง เพื่อนำมาใช้แทนเกณฑ์อาคารเขียวที่กำหนดมาจากประเทศมหาอำนาจ ลดความเสียเปรียบด้านการค้าและเศรษฐกิจของประเทศ

อีกเป้าหมายหนึ่งคือต้องการสร้างจิตสำนึกให้กับประชาชนและสังคมไทยเรื่องการออกแบบ ก่อสร้าง และพัฒนาอาคารเขียวแบบยั่งยืน ส่งเสริมให้เกิดความรู้ความเข้าใจเรื่องอาคารเขียวที่ถูกต้องให้กับ สถาปนิก วิศวกร หน่วยงานรัฐบาล และประชาชนทั่วไป

หลังจากการประชุมและทำงานร่วมกันของกลุ่มสถาปนิกและวิศวกรชุดนี้มาได้ระยะหนึ่ง คณะทำงานจึงตัดสินที่จะจัดตั้ง “สถาบันอาคารเขียวไทย” ขึ้น โดยในวันที่ 11 มีนาคม 2552 ตัวแทนจากสมาคมสถาปนิกสยามฯ และวิศวกรรมสถานฯ ได้ลงนามในข้อตกลงที่จะทำงานร่วมกันทำงานในเรื่องนี้

แนวทางการจัดตั้ง “สถาบันการอาคารเขียว” นั้นจะเริ่มโดยจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลในรูปของ “มูลนิธิอาคารเขียวไทย” เมื่อวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2553 สาเหตุที่จดทะเบียนเป็นมูลนิธินั้นเพราะต้องการให้เกิดความคล่องตัวในการบริหารงานและเกิดความชัดเจนในรูปแบบขององค์กรที่ไม่แสวงหากำไร

จากนั้นคณะกรรมการมูลนิธิฯจึงมีมติให้ตั้งหน่วยงานชื่อ “สถาบันการอาคารเขียว” ทำงานภายใต้มูลนิธิฯ โดยเป็นหน่วยงานอิสระไม่แสวงหากำไรแต่สามารถหารายได้เลี้ยงตัวเองได้จากการประเมินอาคารและจัดอบรม สัมมนา และกิจกรรมอื่นๆของสถาบันฯนั่นเอง